在女士患者中，有50%的人由于非淋菌性尿道炎而不孕，男性中因非淋菌性尿道炎产生不育的病例也在逐年增加。其主要原因如下：
1、非淋菌性尿道炎可导致精子畸形
导致精子畸形是造成不育的另一特征，精子畸形率有时可达80%。
2、破坏精子
睾丸的曲细精管中有大量发育繁殖精子的生精细胞，当支原体衣原体从尿道、前列腺等部位进入睾丸曲细精管中，破坏生精细胞，使精子天生受到影响导致不育。
3、它能干扰精子运动
精子一定速度和频率的运动是衡量精子能否受孕的重要指标。
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