纳曲酮口服后主要消除途径是大量被肝脏代谢，约占有吸收量的95%变为几种代谢产物，其中主要的活性代谢产物是6-β纳曲醇（6-β-naltrexol），其药理作用也是阻断阿片受体。一个次要的代谢物是2-羟基-3-甲氧基-6-β纳曲醇。纳曲酮及其代谢物主要经肾脏排出，原形由尿中排出的不到口服剂量的1%，由尿中排出的原形药物和结合的6-β纳曲醇约为口服剂量的38%.从药代动力学来看，盐酸纳曲酮片及其代谢物能发生肝肠循环。

给24名男性志原者服用50mg纳曲酮后，纳曲酮及其主要代谢产物6-β纳曲醇的Cmax分别为8.6和99.3mg/ml.在50～200mg用量之间纳曲酮和6-β纳曲醇的Cmax和AUC呈比例的增加。Tmax约1小时。纳曲酮和6-β纳曲醇的消除t1/2分别为3.9和12.9小时。其平均消除t1/2和Tmax与用量无关。纳曲酮不在体内蓄积。由于t1/2长，6-β纳曲醇的血浓度在长期给药时可增加40%.体内纳曲酮的总清除率为1.5L/分（相当肝血流）。其肾清除率为127ml/分，完全由肾小球滤过。6-β纳曲醇的肾清除率为283ml/分，推测有肾小管分泌机制。

纳曲酮静注后的分布容积为1350升。纳曲酮在治疗剂量范围内约有21%与血浆蛋白结合。