引起机体感染的致病菌来源有两大类即外源性感染和内源性感染。

（一）外源性感染

病原菌来自宿主机体以外的环境，传染源主要是：①患者：从潜伏期到病后恢复期，病原菌可以各种方式在人与人之间水平传播；②带菌者：因不表现临床症状并在一定时间内持续排菌，不易被发觉，故是重要的传染源；③患病及带菌动物：某些细菌（炭疽杆菌，布鲁菌和鼠疫耶尔森菌等）可引起人畜共患病，病原菌可在人和动物中间传播。

（二）内源性感染

主要指来自体内的正常菌群的细菌引起的感染又称自身感染，也包括原先感染过但少数病原菌潜伏下来而后又重新感染的现象，如结核分枝杆菌。内源性感染具有条件依赖性，是医院感染的一种常见现象。