2.胞内菌感染胞内菌感染，系少数细菌，对人类致病的兼性胞内菌有结核分枝杆菌、麻风分枝杆菌、伤寒沙门菌、布氏杆菌、肺炎军团菌和李斯特菌等。专性胞内菌只能在细胞内生存，如立克次体和衣原体。在临床相当长的阶段内，吞噬细胞处于不完全吞噬状态，其清除主要依靠细胞免疫的作用。产外毒素的致病菌感染，在霍乱弧菌、白喉杆菌和破伤风杆菌等感染，一般仅在粘膜面或局部寄生，毒素入血而致病，不引起菌血症；而鼠疫杆菌感染，则可引起菌血症，甚至脓毒血症。
因此，在临床微生物检查时，使用的方法是有区别的。胞外菌感染性疾病的恢复，主要依靠液免疫。毒血症的康复，主要依靠抗毒素免疫的治疗。
吞噬细胞吞噬后，有完全和不完全吞噬两种结局。1.完全吞噬指病菌完全被吞噬细胞清理，或杀死；不完全吞噬，指病原菌未被吞噬细胞杀死，并被吞噬细胞携带转移至他处，引起扩散。
2.不完全吞噬某些胞内寄生菌或病毒等病原体在免疫力低下的机体中，只被吞噬却不被杀死，称为不完全吞噬。此种吞噬对机体不利，因病原体在吞噬细胞内得到保护；有的病原体甚至能在吞噬细胞内生长繁殖，或随吞噬细胞经淋巴液或血液扩散。
被特异性免疫活化后的巨噬细胞杀伤能力增强，可转变为完全吞噬，如巨噬细胞功能显著增强，可促进结核菌隐性感染的康复。
