| 区别要点 | 外毒素 | 内毒素 |
| 存在部位 | 由活的细菌释放至细菌体外 | 为细菌细胞壁结构成份，菌体崩解后释出 |
| 细菌种类 | 以革兰氏阳性菌多见 | 革兰氏阴性菌多见 |
| 化学组成 | 蛋白质（分子量27，000～900，000） | 磷脂一多糖一蛋白质复合物（毒性主要为类脂A） |
| 稳定性 | 不稳定，60℃以上能迅速破坏 | 耐热，60℃耐受数小时 |
| 毒性作用 | 强，微量对实验动物有致死作用（以ug计量）。各种外毒素有选择作用，引起特殊病变，不引起宿主发热反应。抑制蛋白质合成，有细胞毒性、神经毒性、紊乱水盐代谢等 | 稍弱，对实验动物致死作用的量比外毒素为大。各种细菌内素的毒性作用大致相同。引起发热、弥漫性血管内凝血、粒细胞减少血症、施瓦兹曼现象等 |
| 抗原性 | 强，可刺激机体产生高效价的抗毒素。经甲醛处理，可脱毒成为类毒霉，仍有较强的抗原性，可用于人工自动免疫 | 刺激机体对多糖成份产生抗体，不形成抗毒素，不能经甲醛处理成为类毒素 |
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