前边所有的一切过程，主要的目的就是为了保证微生物检验结果的准确性和可靠性。要保证这一点，微生物实验室必须建立质量控制体系，充分考虑到影响检验结果的因素并加以控制，可提高微生物检验工作的质量。而且有质量保证的样品是获得正确检验结果的基础。虽然样品种类繁多，但不同品种的样品都要按照国家规定的标准方法进行采样，每个样品要登记并注明名称、数量、批号、采样日期等。不同的样品要采用不同的运输和保存方法，防止样品在运输和保存过程中微生物数量的改变。微生物实验室可根据各自情况参照国际食品规格委员会（ICMSF）推荐的食品采样方法和标准建立可靠的质量评价方法以保证样品合格。

购置培养基和试剂时要求供应商提供产品质控证书，尽量选择通过ISO9001的生产厂家购买。培养基和试剂使用前首先通过外观、批号、pH值、灭菌要求、选择性等进行初步评估，还要用阳性对照菌株做质控，按照培养基和试剂标签说明的贮藏条件保存，不同批号的培养基和试剂不要混合使用。自配的染液每周必做质控。如果有条件可参照国际食品微生物与食品卫生委员会（ICFMH）提供的关于培养基质控方法进行质控。