重复是进化中一种重要的途径，生物从简单到复杂的进化最根本的是基因组DNA含量的增加和新基因的产生，而重复是增加基因组含量和新基因的唯一途径。比较有名的例子是珠蛋白的进化和乳酸脱氧酶（HLA）同工酶的进化。
1.通过重复可以研究位置效应；在细胞学研究中可以通过重复来给某一染色体进行标记，如1931年两组所做的证实染色体交换实验都利用移位重复片段作为标记。
2.育种：可用来固定杂种优势。对于一个杂合体A/a来说因为A，a会分离，所以是不能作为种子的，如果通过不等交换获得了顺式，那么就不会分离而可固定杂种优势，但此只能用于单基因控制的性状，而不能用于数量性状。
