HLA在医学上的意义如下：
1.HLA与同种器官移植的关系
器官移植的成败主要取决于供、受者间的组织相容性, 其中HLA等位基因的匹配程度起关键作用。组织相容性程度的确定，涉及对供受者作HLA分型和进行交叉配合试验。在同种器官移植中，Ⅱ类分子的相容性往往更加重要。
2.HLA与输血反应的关系
HLA分型主要与非溶血性输血反应等白细胞抗原引起的输血反应有关，主要见于反复输血治疗的患者中。
3.HLA与疾病的相关性
HLA是人体对疾病易感的主要免疫遗传学成分或与疾病关联的原发成分。HLA和疾病关联的机制是由于同一个HLA座位上的等位基因，在结构上的差异。分析这些差异何以会造成个体免疫应答能力的不同，为阐明该疾病发生的分子免疫学基础，提供了有价值的切入途径。
4.HLA的生理学意义
HLA的生理学意义主要有作为抗原提呈分子参与特异性免疫应答和作为调节分子参与固有免疫应答（如编码某些补体成份，调节NK细胞和部分杀伤细胞的活性，在应激反应中发挥作用等）。
