出口加工区的监管模式与传统的监管模式相比具有较大的优越性，主要有以下几个特征：1、监管手段上，强化现代通信技术和计算机网络技术的应用，使用电子数据传输衔接海关之间监管，逐步取代传统的监管模式;2、区域监管上，强化对区域的整体监管，简化对逐个企业的管理;3、加工贸易业务监管上，强化对企业开展的加工贸易业务的整体管理，简化对逐个合同的管理;4、货物通关监管上，强化对进、出区货物在进出出口加工区卡口时的实际监管，简化办理通关的手续，逐步满足现代跨国型企业，零库存生产的需要。

具体监管模式是：

一、海关对出口加工区加工贸易的监管模式

(一)合同审批

出口加工区内新开展加工贸易项目企业的审批，由出口加工区管委会负责，在首次开展加工贸易业务时，确定其经营范围、加工能力等情况，以后企业如在规定的范围内进出货物，不必向管委会报批，如需更改经营范围、扩大加工能力，则需作变更审批。

(二)合同备案

区内企业在其货物进出区之前，需先将合同(订单)通过EDI方式，向主管海关申请备案，海关对企业发送的备案数据经审核后，自动存入电子帐册作为底帐数据[备案数据包括进口料件、出口成品的品名、规格、计量单位、产销地及单(损)耗比例关系等内容]。

(三)货物进、出(口)

区内企业进、出区货物的通关，由区内企业或受其委托的专业报关企业直接向出口加工区主管海关申报，海关按现行的报关作业程序进行审单后，在卡口办理货物查验、放行手续，并以查验、放行环节获取的数据建立企业底帐，作为监管、核销的依据。对区内企业与境外之间进、出境的货物采取“备案制”管理，由区内企业填写“中华人民共和国海关出口加工区进(出)境货物备案清单”;对区内企业与国内区外之间进出的货物，采取“报关制”管理，由区外企业填写“中华人民共和国海关进(出)口货物报关单”、区内企业填写“中华人民共和国海关出口加工区进(出)境货物备案清单”，在出口加工区主管海关办理报关手续。

(四)后续核销

企业每半年向海关报核一次，报核内容包括原材料的耗用量、产成品的出口量和对应的单(损)耗关系、残次品、废料和库存情况等。海关核销中调阅有关的备案底帐，将企业报送的原材料耗用情况、产成品出口情况与海关电子底帐的有关数据进行计算机自动核扣。海关在核销结案前，须调阅企业的备案申报数据进行核对，发现明显异常的应及时开展稽查。

(五)海关与企业计算联网

由出口加工区海关提供统一数据库平台，要求企业按海关要求报送数据。