Um mês depois, retorna o 9o Batalh?o de Infantaria, agora com todo o seu efetivo, sob o comando do Coronel Tamarino, integrando a Brigada do Coronel Ant?nio Moreira Cesar. Constituindo a ala direita da Brigada, o 9o Batalh?o investe contra Canudos. Lamentavelmente, após sete horas de combate encarni?ado, tomba mortalmente ferido o Coronel Moreira Cesar, tendo o Coronel Tamarino assumido o comando das opera??es. No dia seguinte, após violento ataque dos insurretos é ordenada a retirada. Uma massa humana investe contra o 9o Batalh?o e a retirada resulta em uma desastrosa debandada. O Coronel Tamarino cai ferido. é aprisionado, empalado e degolado pelos jagun?os.
Os insucessos do 9o Batalh?o foram conseqüências do pouco caso que o Império tinha com suas For?as Armadas, após a Guerra da Tríplice Alian?a, deixando-as sucateada, mal armadas e mal equipadas. As reformas do início da república n?o chegaram a sanar estas deficiências.
Apesar do insucesso do Coronel Tamarino, nas opera??es do cerco final a Canudos lá estava, o 9o Batalh?o, combatendo até a vitória final.
Na grande reestrutura??o do Exército, em 1908, foram reunidos sob a denomina??o de 5o Regimento Infantaria, os efetivos do 9o Batalh?o de Infantaria, da Bahía, três Companhias do 33o Batalh?o de Sergipe e mais três do 35o do Pauí. Sua sede passou a ser Porto Uni?o, em Santa Catarina, sendo ano seguinte transferido para Ponta Grossa, no Paraná.