对于关元穴，前人有“当人身上下四旁之中，故又名大中极，为男子藏精，女子蓄血之处也”的说法。此穴同时为任脉穴位、小肠募穴和足三阴会穴，所以对足三阴、小肠、任脉这些经行部位发生的病都有疗效，有培补元气、肾气，暖下元的作用，治病范围广泛，包括妇科的白带病、痛经、各种妇科炎症，男科的阳痿、早泄、前列腺疾病等。刺激此穴用灸比较好，如果每天坚持灸15～20分钟，顶多两个星期，就会感觉性功能有明显的提高，对那些老是感觉腰部发凉、阳痿、早泄及体质虚弱导致的眩晕、无力、怕冷的人效果最好，还可以治疗突发的昏厥。从古至今，此穴都作为人体保健大穴，与足三里齐名。
有人长期灸关元穴，感觉后腰两肾部位有明显的发热感，有热气自关元穴斜向两侧上方，就像冬天里晒太阳的感觉，非常舒服。还有，灸关元对失眠的效果也很好，很多上了年纪的人老是睡不着，不要老吃安眠药，去灸一段时间的关元穴就能改善了。
